恺撒大军开进了罗马，城里一片宁静，没有丝毫骚乱迹象。老百姓知道恺撒此来是向庞培和元老院兴师问罪，不会影响他们的生活，这使恺撒非常欣慰。他清点国库，并贴出安民告示。庞培的党羽都跟着他逃亡去了，留下来的官员，恺撒让他们恢复原职。恺撒罗马人民见到这位虽是贵族出身，却处处为平民着想的恺撒如今又重回罗马，内心里除了拥戴以外，更有一份热望和期待。
庞培放弃意大利后，寄希望于他的海上部队和隶属于罗马的东方各国国王、部落显贵，企图从希腊组织反攻。他在那里集合了11个军团、7000骑兵以及由600艘战舰组成的舰队。同时，庞培派驻西班牙的两个将领在西班牙拥有重兵，仍不时从海上运送给养接济庞培，使得庞培顽强抗拒，不肯与恺撒言和。恺撒决心来个釜底抽薪之计，使得庞培的接济中断，然后再来对付他。
就在当年的六月，恺撒亲自率兵进入西班牙去攻击庞培派驻的守军，八月间，终于将之击败，主将阿富拉纽斯和培特留斯先后投降，恺撒收编了大部分的叛军。
公元前49年12月，罗马的议会一致决议将政权全部交给恺撒，并推举他为独裁官。但是恺撒主动放弃独裁官的地位，而和赛维莱斯及依萨利库斯共同担任执政官，以保持罗马传统的政治精神，这是他第二次担任执政官。