战争开始后，无沦在人口、工业生产、财政金融、交通运输、军事力量，还是政治上，北方均占有绝对优势。然而战争初期，联邦军队却频频失利。这是因为南方军队有备而来，取得了主动权，更是因为林肯政府将最敏感的奴隶制存废问题搁置一边。1861年7月，在离华盛顿40公里的马那萨斯城发生第一次会战，联邦军被人数较少的南方军击败，华盛顿几乎失守。此后，群众举行了示威游行，要求解放奴隶，分给农民土地，挽救危局。
1862年9月23日，林肯发表预备性的《解放宣言》。宣布：假如在1863年1月1日以前南方叛乱者不放下武器。叛乱诸州的奴隶将从那一天起获得自由。消息传到南方后，成千上万的奴隶逃往北方。英国工人阶级也展开了支持北方的运动，迫使英国政府放弃了原来的干涉计划。林肯政府还实行一系列的革命措施和政策：1862～1863年，实行武装黑人政策，成千上万黑人报名参加北方军队，其中主要是南方逃亡奴隶；1862年5月颁布的“宅地法”规定：一切忠于联邦的成年人，只要交付l0美元的登记费，就可以在西部领取l60英亩土地，在土地上耕种5年后就可以成为这块土地的所有者。林肯政府严厉镇压反革命分子，清洗军队中的南方代理人。1893年开始实行征兵法，以代替募兵制，从而增强了北方的兵力。同时林肯调整了军事领导机构，实行统一指挥，任命有卓越军事才能的格兰特为全军统帅。