要用兵就自然得花钱，可一问户部和工部，得到的回答却是国库早就空的。武备也十分缺乏。对于这些，他本来早就知晓的也力图要解决兵饷与武备的问题，无奈，积重难返，他做皇帝的几年都不能解决，他们做臣子的又能有啥办法呢？
万般无奈，崇祯只得谕令各文武大臣紧急捐助兵饷，又火速搜刮勋戚及文武诸臣的马匹来接济军队。
这时，又适逢给事中王家彦弹劾兵部尚书张凤翼，他在奏疏中指责身为兵部尚书的张凤翼在清兵入侵时竟按兵不动，坐视不管，致使清兵如此轻而易举地攻下了昌平。昌平是明代各皇陵的所在地，总计有十余座帝后的陵寝都修建于此。
张凤翼只好自请统率军队，总督各镇援兵。
崇祯立即批准了他的请求，赐予尚方宝剑，发给黄金万两，赏功牌五百，又任命关宁监军高起潜为监军，辽东前锋总兵祖大寿为提督，和宣大总督梁廷栋互为犄角，共同对付清兵。
面对清兵的大肆进攻，崇祯皇帝和他的军事统帅们基本上采取的是坚持固守而伺机出击的作战方针，京师和战事波及的地方，明军基本上按兵不动，即使有出击的机会，也大多不敢出战。对敌的将帅也个个畏缩不前，不能用命。