就缺陷而言，一是研究重点不平衡，亟待调整和完善。迄今为止，刘师培研究的最主要成绩是对其无政府主义的研究，而研究的缺失也恰与此密切相关。因在刘氏一生中，宣扬和奉行无政府主义的时间不足两年，而他大部分时间所从事的工作则为学术研究，以“国学大师”著称，即他人生的总定位是学者，非无政府主义者，无政府主义仅是他一时的信仰。尽管他的这一思想在当时影响较大，后人予以重视并投入较多力量重点研究有其合理性，但同时相对忽视他的学术思想与实践，没有把这一非常重要甚至要比无政府主义思想更重要的课题作为第一选题或至少将两者同等看重，这不能不说是研究上的一个失误。当然这一失误与以往研究者所处的时代环境以及刘氏著述古奥艰深、不易索解有关，不过今天该是到了弥补此缺憾的时候了。二是整体研究水准不高，肤浅之作较多。如在对刘师培无政府主义思想的研究上，选题重复现象较常见，某些著述欠缺学理分析；再如探讨刘氏学术的论著呈现出介绍多论述少的局面，往往浮在面上，各说各话，问题意识不强，未形成真正的学术论争，也极少有给人以鲜明印象和深刻启示的高水准名著。三是研究视角单一，多属就事论事之作，未在其广阔的时代、生活背景和深远的学术渊源上下工夫，而且方法陈旧，很少将刘师培与同时代的学者、思想家联系起来考察，进行比较性、综合性的研究。