在41年的退休生涯里，他把主要精力放在慈善事业上。最初没有人愿意接受他的捐款，因为他们认为洛克菲勒的钱都是用肮脏的手段赚来的，沾满了血腥。但是通过洛克菲勒的努力，人们慢慢地被他的诚意所打动。密歇根湖畔一家学校因为资不抵债而面临着倒闭的窘境，洛克菲勒立即捐出数百万美元，令学校起死回生并发展至今天的芝加哥大学。洛克菲勒捐款20万美元建立的洛克菲勒医学研究所成为了美国第一个医疗研究中心，后来这个研究所因为卓越的成就获得了12项诺贝尔奖，获奖次数比任何同类研究所都多。此外，洛克菲勒还创办了不少福利事业。
从19世纪90年代开始，洛克菲勒每年的捐献都超过100万美元。1913年，设立了“洛克菲勒基金会”，专门负责捐款工作。他捐款总额达5亿美元之多，但是，他捐款的速度远跟不上赚钱的速度。
1910年，洛克菲勒的财富达到了10亿美元，成了美国历史上第一个拥有10亿美元的人。1911年5月15日，依据1890年的《谢尔曼反托拉斯法》，美国最高法院判决美孚石油公司属于垄断机构。根据这一判决，美孚石油公司被拆分成38家地区性石油公司。然而尽管有最高法院的判决以及被冠名为不择手段的垄断资本家，但是投资者依然热衷地追捧这些分公司的股票，使得拆分后的众多公司的股票市值合起来远远超过原来美孚石油公司的市值。洛克菲勒家族的财产非但没有减少，反而比以前更多了。