内部管理体制的改革也是这一时期高等教育管理体制改革的重要内容。为激发学校的办学活力，《中国教育改革和发展纲要》提出应积极推进以人事制度和分配制度改革为重点的学校内部管理体制改革。改革的主要措施是在合理定编的基础上，对教职工实行岗位责任制和聘任制，在分配上按照工作实绩拉开差距。为与整个教育体制改革相配套，《中国教育改革和发展纲要》还提出了深化人事劳动制度改革的目标，要求改革高等学校职称评定和职务聘任制度，在高等学校实行聘任制。从此，教师聘任、按劳分配和奖励的制度逐渐在我国的高等学校之中建立起来。进入21世纪，教育部提出了继续深化学校内部管理体制改革，完善学校法人制度的政策目标，要求高等学校坚持和完善党委领导下的校长负责制，推进依法办学、民主治校、科学决策，健全学校的领导管理体制和民主监督机制。在这一政策的指引下，一些高校相继开展了以完善党委领导下的校长负责制和建立学校理事会制度、学术委员会制度、教职工代表大会制度等为主要内容的建设现代大学制度的探索和实践，逐步形成了“自主管理、自主发展、自我约束、社会监督”的内部管理体制。